A Cyctus II nem csupán egy egyszerű ritmusjáték. Sokkal inkább az Internet cyberpunkos újragondolása.
A jövőben az emberek képesek lesznek könnyedén szinkronizálni a fizikai és a virtuális világot egy hatalmas, összekapcsolt hálózaton keresztül, amelynek központja a gigantikus virtuális város van, cyTus.
A történet kezdetén a világ legnagyobb virtuális koncertje hirtelen eltűnik, az eseményre bejelentkezett milliók sorsa pedig nem várt módon keresztezi egymást. Lassan ráébrednek az igazságra.
A Cytus II univerzuma kreatív karakterek egész sorát vonultatja fel. Az eredeti játék PAFF-jától és NEKO-jától a 2.0-s verzió Ivyjáig minden egyes karakter saját, elképesztő háttérsztorival bír, amelyet magával ragadó zene kíséretében ismerhetsz meg. A Cytus II 3.0-ban a legújabb karakter, Vanessa vezeti át a játékost az utolsó fejezeten.
Az emberi civilizáció újjáélesztésének céljából alkotott OPCI gép, Vanessa, tudatára ébred, és összebarátkozik Ivyval, egy másik érző OPCI-val. Amikor azonban nagygépüket lekapcsolják, Vanessa és Ivy elszakadnak egymástól. Több száz év száll tova, és az emberiség visszanyeri a világ feletti uralmat, Vanessát pedig beépítik a cyTus hálózatának központjába.
Vanessa zenéjét a Cytus II más karaktereitől kölcsönzött stílusokkal és motívumokkal elegyített grandiózus szimfóniák alkotják. Végtére is ő a cyTus hálózatának magja, amely összekapcsolja az egyes karaktereket.
Vanessa és a többi szereplő a zenén keresztül egyesülve teremti meg a sorozat legendás fináléját. Te pedig az első sorból lehetsz szemtanúja mindennek, miközben a játék rejtélyének megfejtésén ügyködsz.